English植物单细胞快讯|开泰生物借助华大智造单细胞平台（TaiM 4） 完成水稻茎细胞图谱绘制
植物单细胞快讯|开泰生物借助华大智造单细胞平台（TaiM 4）
完成水稻茎细胞图谱绘制
为更好适应单细胞技术的发展及广大科研工作者的实际需求，开泰生物在原有单细胞平台部署的基础上，再次引进华大智造DNBelab C单细胞平台！该平台包括DNBelab C-TaiM 4单细胞液滴生成仪，搭载国产DNBSEQ-T7超高通量测序平台，大幅降低成本，经济实惠且性能优越，可助力实现大规模单细胞研究！植物原生质体在DNBelab C-TaiM 4单细胞平台上的数据表现更是亮眼，开泰科服团队已借助该平台完成水稻茎的单细胞图谱绘制，一起来看。
01
取样及原生质体制备：
15d水稻水培苗，取三叶期叶鞘-茎部位(n=2)，制备原生质体，质检上机。
02
单细胞测序数据质控：
2个样本为生物学重复，从质控数据来看，细胞捕获数均在8,000左右，基因检出数都在1,900左右，数据质量较高，且样本间稳定性较高。
03
细胞分群和鉴定：
细胞聚类分群后，通过已发表文章查找Marker基因、搜索水稻数据库，注释鉴定出9种细胞群，完成了水稻茎单细胞图谱构建，细胞类型详见UMAP图。
植物单细胞研究的挑战与进展
相较于动物，植物由于细胞壁的限制，很难获得高活率的原生质体，极大限制了植物单细胞研究。
1. 植物细胞本身结构特征导致获取原生质体困难。
植物坚固的细胞壁保护着幼嫩的原生质体，在原生质体解离过程中需要通过酶解法去除细胞壁，脱离了这层保护壳，脆弱的原生质体极易破裂。
2. 植物组织异质性较高导致获取原生质体体系不统一。
3.原生质体悬液准确计数比较困难。
对于植物样本来说，台盼蓝染料对原生质体有一定的毒害作用，质检时增加死亡数，造成计数不准；而植物原生质体中色素的存在，导致荧光染料计数时也会造成标记的偏差，影响活率的统计。此时需要结合镜检观察细胞形态，对活率和碎片率进行客观评价。
相较于制备原生质体，单细胞提核（snRNA-seq）显然是植物单细胞研究更便捷的选择，但其在基因检出数要略逊于原生质体上机（scRNA-seq）。2023年的文章提到，当使用相同规模的材料时，通常用单细胞核捕获的转录本较少。scRNA-seq提供深度，snRNA-seq提供广度，即两种技术的组合分析将为植物中的细胞鉴定提供互补的结果。
开泰生物始终坚持两条腿走路，除单细胞核外，在植物单细胞领域也长期投入研发力量，针对不同特点的样本类型制定个性化的实验处理方案，稳定高效的获得了近千例植物组织的原生质体悬液。截至目前，共建立20+植物，30+组织部位的原生质体制备体系，欢迎各位老师前来交流技术，洽谈合作！
1. 植物茎部组织原生质体制备
一般在解离植物茎部组织时，受茎部结构影响，比如茎上绒毛、茎内螺纹导管的存在，解离时原生质体悬液中会出现大量碎片，纯化难度较高（由于原生质体较脆弱易破碎，过度纯化又会导致细胞数量大量损失）。因此纯化体系是否合适，操作的熟练度，对能否获得高质量的原生质体至关重要。
开泰研发团队在不断测试摸索中，总结出一套完善的纯化体系，通过差速离心、密度梯度离心等方式尽量去除碎片；同时加强自身操作手法，可快速获得多种茎组织的高质量原生质体悬液。
开泰制备茎原生质体镜检图展示：
2.植物根部组织原生质体制备
受限植物根本身结构，根的原生质体制备也有一定难度。根尖部位生命活动旺盛，但其他部分可解离出的原生质体较少，并且解离过程中会产生较多组织碎片，影响单细胞悬液纯度，上机后还容易造成堵孔。
因此，在方案设计允许的范围内，可尽量在幼嫩时期（初生根），未长出侧根之前进行取样。而解离过程中也需要更加注意，可以采取适当减弱酶强度、选取正确的离心转速、温柔的吹打方式等来减少损伤 。
开泰制备根原生质体镜检图展示：
3.植物花瓣部位原生质体制备
植物花瓣本身存在色素，解离后影响AO/PI荧光计数，导致计数或活率测量不准确，需结合镜下进行校准。
开泰制备花原生质体镜检图展示：
4.植物叶片原生质体制备
相较于其他部位而言，植物叶片取样的时间范围更宽裕一些，通过对植物样本质地的判断选择不同的酶液组合进行解离。同时原生质体中叶绿体存在也会对countstar荧光计数有所影响，需结合镜下进行综合评定。
开泰制备叶原生质体镜检图展示：
开泰植物单细胞产品优势
开泰生物长期专注于高通量单细胞多组学的技术研发与服务，植物原生质体制备经验丰富，可根据不同物种及组织特点，微调原生质体制备体系，稳定高效的完成大多数植物组织的原生质体制备，搭配主流单细胞平台，保证单细胞数据产出；同时，结合成熟的分析流程，专业的高级生信分析人员及流畅的沟通平台，为植物单细胞科研保驾护航！
植物组织原生质体制备白名单
开泰依靠强大的实验研发团队，成功解离了近千例植物组织样本，建立20+植物，30+组织部位的原生质体制备体系。
欢迎各位老师垂询，每位老师都有机会获得样本的免费解离测试机会哦~
搭建国内外主流单细胞平台
开泰生物具有独立实验室，且已成功搭建多款国内外主流单细胞平台，满足老师不同实验方案设计需求
专业的生信团队，一对一交流分析需求
开泰拥有成熟的单细胞多组学生信分析团队，其中带头人李老师，毕业于中国科学院，目前就任开泰生物CTO，有多年微生物基因组组学分析、研发经验，擅长人基因组重测序，全外显子测序数据分析，擅长单细胞、空间转录组测序数据分析。单细胞线生信研发总监许老师，毕业于吉林大学，主要负责单细胞测序数据高级生信分析及云平台工具搭建，具有丰富的生信分析研发经验和深厚的生物学背景。
考虑到目前客户对于高级分析的不同需求以及细胞类型注释困难等问题，开泰会为每个单细胞项目搭建高级分析沟通平台，生信人员一对一与老师交流分析需求，引导老师逐步推动项目进程。
全链条产品搭配，一站式科研服务
开泰生物丰富的产品搭配，强大的联合分析，随心所欲的个性化分析，竭尽全力为您的科研保驾护航！
关于开泰生物
杭州开泰生物技术有限公司成立于2006年，是集研发、生产、销售、客户服务为一体的生物类高新技术企业；长期致力于为广大客户提供生命科学研究的整体解决方案。
开泰的产品线包括单细胞转录组测序、单细胞多组学测序、空间转录组测序、空间蛋白组测定等单细胞时空组；ATAC-seq、ChIP-seq、m6A（MeRIP seq)、全基因组甲基化等表观组学；Ribo-seq、转录组、基因组和蛋白代谢等科研服务。同时提供NGS建库试剂盒、核酸提取纯化试剂盒，PCR及RT-PCR酶，冻干生物酶等特色产品。开泰代理天根（Tiangen）、Roche、Sigma、Merck、KAPA、CST、Abcam、亲科（Affinity）抗体、Cellbox血清、韦克斯电泳仪、酶免Elisa试剂盒，维思克思外泌体试剂盒等多家世界五百强企业或特色企业产品。产品广泛应用于生命科学、医学、农业-分子育种、制药、环境等领域的基础研究。客户遍布大学、研究所、医院、检验所、血站、出入境检验检疫等单位。在中国大陆大部分省市都设有自己的分公司或办事处。
