常见问题
Q1: 全外显子组测序必须有参考基因组吗?
A: 必须有,如果没有参考因组,要提供近缘物种的序列,但不能保证捕获结果的可靠性。因为捕获探针是根据提供的参考序列来设计的,如果已知目标区域与参考基因组比有较大出入,例如大片段的插入缺失,是不推荐的。
Q2: 全外显子组测序深度的意义是什么?
A: 测序深度代表了序列被探针组覆盖的次数,次数越高,测序结果的识别就越精确,后续的统计分析也就越准确。如果做肿瘤、低频突变研究,建议测序深度至少应达到150×以上。如果只看经典SNP、非低频突变,测序深度也至少应该在30×以上。
Q3: 外显子捕获效率是什么?
A: 外显子测序过程中要用到杂交过程。在人的染色体上有许多与外显子有同源性的部分,这些有同源性的部分很可能在杂交过程中也被捕获下来。所以,测到的序列中,有一部分不是外显子序列。我们把测序得是外显子的部分占全部测序序列的比列称为捕获效率。捕获效率的高低不影响数据质量,只影响数据的有效比例。
外显子组是一个物种基因组中所有外显子区域的总和。外显子组测序是指利用序列捕获技术对全基因组外显子区域DNA进行富集再进行高通量测序的方法。该方法能够获得指定外显子捕获平台探针设计区域及侧翼200bp序列的遗传信息,极大的提高了人类基因组中外显子区域的研究效率,显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据,有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。 |
应用领域
1. 已知候选位点筛选及验证; 2. 稀有或新变异位点检测; 3. 个性化诊断、药物靶点筛选。 |
技术路线
分析内容