常见问题
Q1: 可以用简化基因组测序来做QTL-seq分析吗? A:由于简化基因组技术(GBS/RAD)是对基因组上的酶切片段进行测序,数据量一般只有基因组的1~10%,有可能会降低QTL定位的精度。同时,也无法进一步筛查QTL区间内的突变信息。因此,我们建议用全基因组重测序来进行QTL-seq分析。
Q2: 群体进化分析,需要选择简化基因组测序还是全基因组重测序? A:考虑到自然群体极快的LD衰减距离, 简化基因组的覆盖度显得有所不足,全基因组重测序是趋势。推荐样本的全基因组重测序深度要大于基因组的10x。
Q3: 怎么确定性状是质量性状还是数量性状? A:根据统计子代个体的性状分离比进行判断。质量性状子代分离比例为3:1,主效基因控制的数量性状子代分离比例接近3:1。 |
基因组重测序是在已知物种基因组的情况下进行测序。通过对该物种的不同个体或同一个体的不同组织进行基因组重测序,可从群体或个体水平全面挖掘基因组序列差异。该方法能以较低的成本获得大量、准确的基因组信息,对动植物育种研究及人类疾病等方面具有重大的指导意义。 |
应用领域
1. 个体基因组变异检测2. 突变体功能突变位点定位3. 群体遗传学分析4. 全基因关联分析 |
技术路线
分析内容
1. 标准分析:原始数据基本分析、序列比对、SNP检测等;2. 高级分析:InDel检测、CNV检测、SV检测等;3. 个性化分析:群体遗传学分析、GWAS分析等。 |
样品要求
样品类型:无降解或者轻微降解、无RNA污染的DNA样品; 样品需求量:≥1 μg;样品浓度:>20 ng/μL;样品纯度:OD260/280= 1.8~2.0。 |