10x Visium FFPE空间转录组
10x Visium FFPE 空间转录组测序——无偏检测组织切片基因表达，还原表达基因位置信息
- 10x Visium FFPE 空间转录组测序：10x Visium FFPE空间转录组产品以高分辨率来展示组织不同位置的基因表达信息，增加信息检测维度。该产品具有样本准备简单、分辨 率高、灵敏度高和无偏检测基因表达等特点。
技术路线
探针杂交
针对人（＞18000基因）和小鼠（＞20000基因）mRNA设计特异性探针，每个探针分为左侧探针（LHS）和右侧探针（RHS）两部分：LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列，RHS 包含特异性序列和polyA序列。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后，连接形成完整的探针序列。再经过透化等过程，将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸，最终构建成完整的文库。
10x Visium 玻片
- 10x Visium 玻片上的Oligo序列与探针的ployA序列结合和延伸，形成含带有barcode的核酸片段，再连接测序接头。
10x Visium载玻片包含4个捕获区域（对应4张切片），可制备4个转录组文库；
每个捕获区域面积为6.5 mm x 6.5 mm, 约有5000个spot；
每个 spot 位点直径55 μm，含有大量UMI标签，可以覆盖1~10 细胞;
应用方向
- 肿瘤学：肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
免疫学：免疫细胞浸润、免疫细胞基因表达特征、免疫细胞传播
发育生物学：人类发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
神经科学：绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
病理学：增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性
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