常见问题
Q1：转录组测序需要多少数据量？
A：这个因研究的物种和研究需求而异。常规的动植物物种我们一般推荐6G数据量，基因组比较小的原核生物或真菌推荐可测3G。而对于部分基因数目较多的物种、老师关注的基因表达丰度较低的项目、病原宿主互作项目，可根据情况适当增加数据量。
Q2：有参比对到基因组还是转录本？
A：有参物种有两种选择：
1）比对基因组；
2）比对到转录本，理论上这两种选择的分析结果应该是大同小异的。
Q3：对于参考基因组不好的情况下，选择无参还是有参？
A：只要有参考基因组，优先推荐使用参考基因组来做分析。对于基因组拼接来说比较难的部分是重复区，基因组装质量不好主要是因为重复序列。基因组编码区的序列无论是杂合率或重复性都比较好，所以相对容易拼接。编码区的组装质量一般较好。所以优先使用参考基因组。
Q4：转录组找snp 或者编辑位点要去RNA 冗余吗？
A：不需要。重测序的话，的确需要去除PCR导致的冗余。但RNA-seq产生的read 冗余，可能是真实的冗余。这是因为RNA-seq的测序深度大大高于重测序。RNA-seq call SNP要解决的问题主要不是reads 冗余，其主要有2个问题会影响SNP 准确性：
1）基因编辑，基因编辑的存在会导致很多SNP变异并不是DNA层面的，而是转录过程中修饰导致新的碱基，
2）RNA-seq存在大量可变剪切，容易导致比对错误而产生很多大量假阳性SNP。如果RNA-seq要call SNP，需要把内含子及外显子边界周围（例如5bp以内）的SNP去除掉，因为这些区域的SNP假阳性比较高。
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