常见问题
转录组和扩增子测序的整合分析,是指对来自转录组和微生物等不同生物分子层次的数据进行统计学分析,建立不同层次分子间数据关系,同时结合功能分析,全面阐述生物分子功能和调控机制。目前在医学上应用的方向十分广泛,比如癌症、代谢疾病、胃肠道疾病、神经系统疾病、免疫系统疾病、老年病、呼吸道疾病以及新生儿、药效评估、靶向药物指导应用。肠道微生物组的生态失调可诱导疾病的发生并能调控宿主基因的表达。宿主基因表达与肠道微生物的变化关系密切,因此肠道微生物组可以作为某些疾病的诊断标记,健康肠道微生物组的移植也可逆转微生物的失调,从而达到治疗疾病的效果。
利用 spearman 统计方法分析(老师也可以选择pearson相关性)实验样本中筛选到的显著性差异菌群与显著性差异基因之间的相关性系数,并结合 R 语言进行矩阵热图、层次聚类、相关性网络等分析,多角度挖掘菌群-基因之间的相互作用关系。