m1A MeRIP-seq
m1A是一类新发现的RNA甲基化修饰，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上发生甲基化修饰（N1-methyladenosine，m1A）。m1A已经在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被发现。研究表明m1A可以调控翻译和延伸，以及rRNA的稳定性和正确折叠。m1A还广泛参与肿瘤发生和多种疾病，但其机制和潜在功能亟待发掘。
针对m1A修饰，开泰生物采用m1A-MAP-seq（Misincorporation-assisted profiling of m1A）方法。该方法利用m1A修饰在反转录时会导致错配这一特性，实现单碱基分辨m1A修饰位点。该方法的实验流程为：将随机片段化的RNA样本用m1A特异性抗体进行富集，同时留一部分不做处理，作为对照（input）；然后再将富含m1A修饰的RNA片段分为两部分，一部分用去甲基化酶AlkB处理[demethylase(+)]，一部分不处理[demethylase(-)]。最后对获得的三个样本分别进行建库测序。对比去甲基化酶（-）和去甲基化酶（+）的结果，捕捉碱基突变的信号，来实现m1A甲基化修饰位点单碱基分辨率的鉴定。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将m1A RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-Seq数据，不仅计算出样本中m1A甲基化程度，同时还可以找到m1A甲基化修饰的具体位点信息。
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