常见问题
Q1: GWAS的材料最少要多少份?
A:不能一概而论。因为GWAS是统计学结果,哪怕目前只有50株材料,最后能得到一个显著位点的话,结论依然是有效的。理论上群体越大,越有能力检测到微效的QTL。因为GWAS分析的目标往往是数量性状,如果材料少于二三百株的话,可能无法检测到中低效应的QTL。
Q2: GWAS能关联多个性状,一般能关注多少个性状?
A:对于性状数量是没有限制。
Q3: 单样本测序深度与群体大小的关系,哪个对GWAS分析结果的影响更大?
A:单样本测序深度低,主要会导致基因型缺失,从而影响性状定位,而基因型缺失可通过缺失填充来弥补。而样本量少,检测到显著关联的SNP位点几率会小很多,相对风险较大。综合考虑,同样成本条件下做选择,建议增加测序样本量,适当降低单样本的测序深度。
全基因组关联分析(Genome-wide association study,简称GWAS)是一种在群体水平研究表型-基因型关系的研究策略。GWAS是在特定群体中检测全基因组水平数以百万计的分子标记(例如SNP标记、CNV标记)基因型信息的基础上,开展群体中个体表型与基因型的相关性分析,从而解析影响复杂性状的基因变异。随着测序价格的不断下降,全基因组重测序结合GWAS分析,快速定位控制复杂性状的功能性遗传突变,解析对应性状的遗传调控机制,已经称为一种主流的研究方式。 |
1. 动植物各类数量性状的研究; 2. 人类各类表型/复杂疾病研究。 |
分析内容
1.标准分析 1.1原始数据过滤 1.2数据比对 1.3SNP与indel检测 2.高级分析 2.1连锁不平衡分析 2.2群体结构分析(PCA、进化树、structure分析) 2.3多态性分析 2.4候选基因提取与突变注释 | 3.个性分析 3.1表型分析 3.2基因型分析 3.3GWAS分析(简单广义线性模型分析、广义线性模型分析、混合线性模型分析、K+Q线性模型分析)
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