常见问题
Q1:原核物种没有参考基因组,可以做无参转录组分析吗?
A:一般不建议做。因为原核生物的mRNA一般为多顺反子,直接拼接效果较差,对后续数据分析影响很大。
Q2:原核转录组与真核转录组建库有什么区别?
A:真核生物mRNA有polyA尾巴,可用poly dT富集真核生物mRNA,另外真核生物的基因组通常比较大,一般只有正义链上有基因,所以真核生物采用polyA富集建库方式即可。而原核生物mRNA 没有 polyA 尾巴,需要用去核糖体RNA的方式富集mRNA。另外,原核生物基因组利用率较高,基因组中正负链上都存在较多基因,所以我们建库时需要区分原核生物的正负链信息,我司原核生物的建库方式是去核糖体链特异性建库。
原核转录组-高质量测序准确分析mRNA信息
原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。应用方向
环境影响
分析环境变化对微生物的生物学功能胁迫研究
研究胁迫环境下微生物的机体响应机制差异性状研究
寻找不同处理导致差异性状或表型相关联的主要功能基因