常见问题
1.做Meta 分析需要有生物学重复吗?
自然环境 (土壤、水体、发酵物、食品等): 至少3个生物学重复,推荐5个生物学重复
体内样本(肠道、粪便、口腔拭子、胃组织样等):个体特异性高,易出现样本偏离,至少3个重复,推荐6-10个重复以上。
2.粪便样品制备注意事项
粪便的保存,可放在-80℃,根据经验,取内部粪便提取基因组最好,但是不易操作。由于粪便自身的特殊性,建议随时收集随时保存,以便达到较好的DNA提取效果。
3. 对于宏基因组项目,怎么排除宿主污染?
1. 取样时,尽量不要取靠近组织的部位;
2. 可采用相应的去宿主试剂盒提取;
3. 若有参考基因组,可通过比对分析去除宿主基因组污染。
4.如果存在较大的宿主的污染,且没有宿主基因组的参考序列可以进行宏基因组测序吗?
不可以,如果宿主的DNA包含大量的环境DNA,测序之后,会存在严重的污染,暂无已知宿主基因组的序列来进行比对去污染,会影响后续结果分析的准确性,且可用的 数据量会很少;但是如果在提取的过程,宿主基因组的污染的量较少,后期的数据分析暂可忽略污染。
5.不同样本测多少数据量合适,有没有依据?
一般遵循文章影响因子越高,样本量和数据量越高的规律。婴儿肠道、粪便等简单环境推荐6G以上数据量,水体、土壤、淤泥等复杂环境推荐12G以上数据量。
宏基因组测序—环境微生物研究
宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。应用方向
人体或动物微生态及其与疾病关联:
如肠道菌群,皮肤菌群,口腔菌群,肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物;
自然环境微生态:
如作物根系或受污染等土壤微生物,海洋、冰川、污水等水体微生物;
工业环境微生态:
如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性,以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。
食品或药品的微生物安全检测。