常见问题
1.16S测序哪个区域比较合适?
提供的几个测序区域来自文献调研,但是目前并没有研究表明哪个测序区域更好。有文章研究表明土壤样本,16S V4区(515F-806R)比较适合做扩增子研究,可检测的物种多样性更丰富, 并且可重复性强(PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.)。
2.若关注环境中的真核微生物多样性,ITS测序和18S测序哪个更好?
ITS测序主要是针对真菌多样性的研究,注释准确度高;18S测序针对的是真核微生物,注释到的范围广,但是就真菌来说精确度相对较低;可根据研究目的合理选择测序方案。
3.扩增子与宏基因组的区别?
扩增子主要分为16S、18S、ITS测序,关注环境样本中的物种组成,该技术物美价廉,实用性高。宏基因组关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息,该技术深入挖掘环境样本功能层面的信息。
16S、18S、ITS等扩增子测序(二代) 一步到位检测环境微生物多样性
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。应用方向
医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等