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常见问题

  • 1.与ChIP-seq相比，CUT&Tag的优势是？

      CUT&Tag起始量更低、数据信噪比更高、周期更快。

      a. 起始量更低：chip需要千万级别细胞，CUT&Tag仅需十万级别甚至可低至60个细胞建库；

      b. 数据信噪比更高：CUT&Tag无需超声打断等操作，属于原位捕获的技术，数据信噪比更高；

      c. 周期更快：CUT&Tag采用高活性的自带部分接头的转座酶，无需超声处理等，大大简化了操作流程，节省了实验时间。

  • 2. CUT&Tag对于一抗应该如何选择？

      优先选用ChIP/ChIP-seq级别的候选抗体；ChIP级别抗体＞非ChIP级别抗体；文献验证过的抗体＞非文献验证过的抗体；

      ChIP级别抗体对抗体纯度、特异性结合的要求都比较高，是完成CUT&Tag实验的首选抗体。如果没有找到目的基因的ChIP-seq级别的抗体，通过ChIP和IP验证的抗体也可以使用，但是尽量不要使用没有标注ChIP应用的抗体，或者标注未检测的抗体，否则实验效果可能不太理想。


CUT&Tag

CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术

  • CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞，洋地黄皂苷打开细胞膜的通透性；pA-Tn5转座酶在抗体引导下精确结合靶蛋白附近的DNA序列，由于Tn5连有测序接头，可以直接在片段化的 DNA 两端添加接头，最终通过PCR扩增获得完整的文库。
  • CUT&Tag建库原理图

应用方向

1、DNA组蛋白修饰研究（组蛋白甲基化、乙酰化及新组蛋白修饰：乳酸化、磷酸化等）；
2、DNA-转录因子互作研究（探究转录因子结合位点的分布规律、转录因子之间的合作规则；基因转录调控的具体机制）；
3、增强子/超级增强子分析（鉴定超级增强子、结合转录组测序结果确定所调控的靶基因）；
4、组学验证手段（通过其他组学找到潜在结合的转录因子或是组蛋白修饰后进行验证）；

信息分析

CUT&Tag测序项目，通过对获得的高质量reads，进行Peak calling及motif分析，高效预测相关基因， 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能，组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。
分析内容解决问题
测序数据质量评估过滤掉低质量数据，保证数据质量
参考序列比对分析唯一比对的 reads 分布统计
peak calling定位组蛋白修饰/转录因子结合位点
peak注释鉴定目标组蛋白修饰/转录因子潜在调控的靶基因
差异 peak 分析分析DNA-蛋白互作在不同处理条件下的差异
相关基因功能分析Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析
motif 分析目的转录因子结合的Motif序列
（转录因子对应的已知Motif & 转录因子对应的新的Motif）

关联分析

CUT&Tag与RNA-seq关联分析

1. 整体层面的关联

1.1 整体信号分布展示

1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示

1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图

1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图

2.差异表达基因对应表观信号分布

2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号

2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图

2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图

3.差异峰区域相关的基因表达变化情况

3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图

3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图

4. 差异峰区域与差异表达基因的关联
4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图
4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图
4.3 GO富集分析
4.4 KEGG富集分析

送样建议

样本类型样本状态送样建议
细胞样本冻存每份≥40万，冻存前活性＞90%，建议送备份
新鲜每份≥20万，冻存前活性＞80%，建议送备份
动物组织新鲜/冻存常见组织≥40 mg
心、肾、神经等组织≥50mg
植物组织新鲜/冻存幼嫩组织叶片≥0.3g
种子、根等组织0.5～1g
注：抗体浓度需≥0.2μg/μl，若低于0.2μg/μl，需进行抗体评估。

  • 一抗建议：

      请选择ChIP级别的一抗，提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书，以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。


  • 电话：400-178-8899
  • 邮箱：support@kaitaibio.com
  • 地址：浙江省杭州市西湖区金蓬街358号青蓝科创园C座3号楼6楼

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