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bulk RNA-seq+scRNA-seq

Bulk RNA-seq可检测到由多种类型细胞构成的表达水平,一般需要以感兴趣细胞类型的表达水平作为参考进行反卷积分析,从而推测待研究组织中感兴趣细胞所占比例,便于后续深入研究。

已公布的不同物种不同组织的scRNA-seq数据是反卷积分析参考数据集的主要来源,分析scRNA-seq数据可获得不同细胞类型表达数据。某些反卷积分析工具提供了分析所需的参考数据集,如Cibersort提供了人类和小鼠的免疫细胞表达特征矩阵,可直接进行免疫浸润细胞的反卷积分析。

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