常见问题
Q1:没有参考基因组的物种,可以做small RNA测序吗? A:无参考基因组的物种可以开展small RNA测序研究。
Q2:测序结果怎么去掉一些其他的RNA,诸如rRNA,tRNA之类的? A:比对Rfam数据库,比对到的为rRNA或者tRNA,去掉即可。
Q3:怎么分析miRNA在其他物种的保守性? A:在其他物种中找些保守miRNA,自己研究的物种找些保守的miRNA,进行blast比对。
Q4:能不能用small RNA测序的结果分析tRNA? A:不能。转移RNA(tRNA)是普遍表达的非编码RNA,长度为70-90个核苷酸(nt),tRNA有稳定的三级结构和高度的碱基修饰,甲基化、核苷内的转位反应、还原反应(tRNA功能发挥所必须的)。这些都是tRNA的特点。
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smallRNA测序 ——研究small RNA功能及调控机制
小RNA(Small RNA,sRNA)通过特异性地识别结合 RNA 诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制,在调节个体发育、细胞增殖分化、肿瘤的发生发展及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用,是细胞中高度复杂的 RNA 调控网络中的重要成员。目前广为研究的small RNA 主要是miRNA、siRNA和 piRNA,其中 miRNA 的研究最为深入。应用方向
small RNA适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。植物方向
植物对环境的适应性、突发、个体发育、遗传性状动物方向
农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制真菌方向
机理性、应用性、药用食用性研究