常见问题
Q1:和ChIP-seq相比,DAP-seq有什么样的优势?
A:DAP-seq在体外构建表达目标转录因子蛋白,与DNA在体外结合,之后进行纯化、测序。ChIP-seq则是在蛋白与DNA体内结合的基础上,利用蛋白特异性抗体捕捉与蛋白结合的DNA片段,进行后续的纯化与测序,因此两者最大的差别在于是否需要转录因子蛋白特异性抗体。
Q2:每种转录因子都可以做DAP-seq吗?
A:不是的,某些基因家族成功率高,某些基因家族成功率低,因此客户可以先将感兴趣的转录因子信息反馈给我们公司,对该基因家族DAP-seq成功率做出初步评估,评估通过后进行后续的实验。
Q3:没有参考基因组的物种可以做DAP-seq吗?
A:不可以,当前没有参考基因组的物种不能做DAP-seq。
DNA亲和纯化测序(DAP-seq,DNA Affinity Purification sequencing),通过体外构建表达转录因子(TF,Transcription Factor)蛋白,与目标基因组片段结合,针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合,对DAP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。 DAP能够有效解决CHIP技术缺乏目的蛋白特异性抗体的限制,适用范围更广。 |
应用领域
1. 转录因子结合位点和功能研究; |
技术路线
分析内容
标准信息分析 (需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果) 1 测序评估: 测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计 2 比对分析:比对基因组统计、Reads在染色体上的分布、测序深度与饱和度分析 3 Peak分析:Peak calling、Peak长度分布、Peak深度分布、Peak富集倍数分布 4 Peak注释:Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析 5 motif 分析 6 各处理组peak合并及多样本聚类:peak丰度计算、PCA分析、相关性热图分析 7 处理组共有特有peak分析:比较组共有特有peak及相关基因统计、GO富集分析、KO富集分析 8 组间peak差异分析:差异peak统计、组间差异peak相关基因分析、GO富集分析、KO富集分析 |