10x 单细胞转录组
10x Genomics单细胞转录组测序（single cell RNA-seq, scRNA-seq），是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术，其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱，揭示复杂细胞群体的异质性，避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势，一个样品可进行1000~10000个细胞转录组分析；6.5min可完成上万细胞的封装，一天内完成单细胞捕获、反转录扩增与建库；相较其他平台，单个细胞的测序成本低；适用于绝大部分的细胞类型，包括生殖细胞、胚胎细胞、血细胞、神经细胞、肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞等。
应用领域
1. 发育生物学：胚胎、神经、脑等各种组织；
2. 肿瘤异质性与耐药性研究；
3. 干细胞分化潜能研究；
4. 免疫方向；
5. 细胞图谱绘制。
技术路线
分析内容
标准信息分析
1.测序数据统计与评估：各个样本测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、各个样本数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）、基因表达定量；2.单细胞亚群分类与分类结果可视化：细胞过滤、细胞亚群分类、分类结果可视化（TSNE图）；3.亚群上调表达基因分析：上调表达基因筛选、上调基因表达分布、上调基因蛋白质互作网络分析、上调表达基因基因GO/KEGG功能富集分析、DO基因疾病富集分析（人）、Reactome通路富集分析（人、大鼠、小鼠）；4.基因集变异分析GSVA分析；5.膜蛋白注释（物种必须具备蛋白序列库）。
高级信息分析
1. 拟时分析（monocle）：推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程；
2. 拟时分析（PAGA）：计算细胞亚群之间的连通性，检验后构建PAGA网络图，筛选差异表达基因；
3. 细胞通讯分析（物种限制：人、小鼠和大鼠）：通过统计不同细胞类型中受体和配体的表达及配对情况，推断不同细胞之间的相互作用；
4. 转录因子分析（物种限制：人、小鼠和果蝇）：体现不同细胞/细胞类型之间的转录因子调控活性差异，绘制转录调控网络图
5. 细胞周期分析（物种限制：人、小鼠和大鼠）：推断单个细胞的细胞周期；
6. 单细胞CNV分析（限肿瘤）：通过基因的相对表达量来推测单细胞染色体区域的CNV；肿瘤克隆亚型分析、CNV分布分析；
7. RNA速率分析：通过mRNA生成和降解过程的动态变化，推断细胞分化发育轨迹。
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