单细胞测序质控那些事儿如何规避上机风险,保障实验成功?(单细胞测序分析流程)
在单细胞测序领域,质控是保证实验数据准确性的重要环节。我曾经在实验室里亲身经历了一次由于质控不严导致上机测序失败的故事,现在就来跟大家分享一下如何在单细胞测序过程中规避质控风险,确保上机顺利进行。
**故事背景**:
记得有一次,我们实验室准备进行一项重要的单细胞RNA测序研究。由于样本数量有限,我们格外小心,希望能得到高质量的数据。在上机测序前,我没有严格按照质控流程进行检查,结果导致了测序失败。
**问题分析**:
1. **RNA提取质控**:我在提取RNA时,没有使用RNase-Free的器械,导致RNA样品中混入了DNA污染,影响了后续的文库构建。
2. **文库构建质控**:在文库构建过程中,我没有对文库的浓度和质量进行准确测定,导致上机时文库浓度过低,无法满足测序要求。
3. **测序仪上机前质控**:上机前,我没有对测序仪进行彻底的清洁和校准,结果在测序过程中出现了严重的错误率。
**专业知识结合实例**:
为了防止类似问题的再次发生,我学习了以下专业知识,并结合实例进行说明:
1. **RNA提取**:
- 使用RNase-Free的器械和耗材,确保RNA样品的纯度。
- 使用分光光度计和RNAase-Free的DNase处理,检测RNA的浓度和完整性。
2. **文库构建**:
- 使用实时荧光定量PCR检测文库的浓度和质量,确保文库浓度在适宜范围内。
- 使用Agilent 2100生物分析仪检测文库的片段大小分布,确保文库构建成功。
3. **测序仪上机前质控**:
- 使用测序仪自带的质控程序进行清洁和校准。
- 使用Illumina测序仪的指数图(Index Indexing)和测序图(Sequencing Index)进行上机前的质控。
**总结**:
通过这次经历,我深刻认识到单细胞测序质控的重要性。只有严格把控每一个环节,才能规避上机风险,确保实验成功。希望我的故事和经验能对大家有所帮助,祝大家在单细胞测序的道路上一帆风顺!