单细胞测序冻存样本从实践到理论,我的研究之旅(单细胞测序 简书)
在单细胞测序领域,冻存样本的处理是一项至关重要的技术。作为一名从事单细胞测序研究的研究员,我亲身经历了从样本冻存到成功测序的全过程,下面我就来分享一下我的经历,并结合专业知识为大家解析这一过程中的关键点。
单细胞测序是一种前沿的生物学技术,它允许研究者从单个细胞中获取遗传信息,这对于理解细胞异质性和细胞命运决定具有重要意义。在单细胞测序中,样本的冻存质量直接影响后续的测序结果。
记得有一次,我在实验室里处理了一组来自不同生物样本的单细胞。由于样本数量众多,我决定将它们进行冻存,以便于后续的测序。在冻存之前,我按照以下步骤进行了操作:
1. **样本准备**:我将采集到的细胞悬液进行离心,去除杂质,然后使用RNase抑制剂和DNase抑制剂处理,以防止RNA和DNA的降解。
2. **冻存介质选择**:我选择了含有10% DMSO(二甲基亚砜)的冻存介质,因为DMSO能够降低细胞的冰点,减少细胞在冻存过程中的损伤。
3. **样本分装**:我将处理好的细胞悬液分装到 cryovials(冻存管)中,每个管子大约0.5毫升,确保有足够的空间让样本膨胀。
4. **降温过程**:将样本从室温放入-80℃冰箱,然后在-80℃下停留至少2小时,最后将样本移入液氮中。
冻存完成后,经过一段时间的存储,我需要提取样本进行测序。以下是我在解冻和提取过程中的关键步骤:
1. **缓慢解冻**:我将冻存的cryovials从液氮中取出,迅速放入37℃水浴中,缓慢解冻至室温。
2. **RNA提取**:解冻后的细胞进行RNA提取,使用试剂盒按照说明书操作,确保提取的RNA质量良好。
3. **文库构建**:提取的RNA经过逆转录和PCR扩增,构建成单细胞测序所需的文库。
4. **测序**:将构建好的文库送至测序平台进行测序。
在整个过程中,我特别注意了以下几点:
- **样本质量控制**:通过实时荧光定量PCR检测RNA的完整性,确保样本质量。
- **冻存介质的优化**:通过实验比较不同浓度的DMSO对细胞冻存的影响,选择最佳浓度。
- **解冻速度的控制**:缓慢解冻可以减少细胞损伤,提高后续实验的成功率。
最终,通过这一系列严谨的操作,我成功地对冻存的样本进行了单细胞测序,并获得了高质量的数据。这次经历让我深刻体会到,单细胞测序冻存样本的处理不仅是一门技术,更是一门艺术,需要细心和耐心。
关键词:单细胞测序、冻存样本、DMSO、RNA提取、文库构建、测序