| 技术原理 | 代表技术及简要原理 | 技术特色 | 亟待提升环节 |
| 基于捕获和NGS | ■ 10XVislum (2016, Science) 空间阵列探针原位捕获+NGS ■ DBIT-seq 2019, Cell) 微流控引入空间Barcode+NGS ■ Slide-seq (2019, Science) 微球阵列测序+原位捕获+NGS ■ Seq-Scope (2021, Cell) 探针阵列测序(illumina平台)+原位捕获+NGS ■ Stereo-seq (2022,Cell) 探针阵列测序(华大CG平台)+原位捕获+NGS | 全转录组捕获 兼容高通量测序(可获3端100bp左右的数据) DBIT-seq可扩展至表观组 | 无单细胞分辨率 原位捕获效率低下(远低于单细胞 DBiIT-seq除外) 批间差异大 |
| 基于序列原位杂交 | ■ MERFISH 2015, Science) 编码探针杂交+多轮超分辨成像+解码纠错+多组学 ■ seqFISH+ (2019, Nature) 编码探针杂交+序列杂交+多轮解码+多组学 | 亚细胞分辨率 灵敏度高(4996-1009%,随检测基因数增加而降低) 多轮纠错 | 靶向组 无法检测SNP 成本高/对成像设备要求高 |
| 基于原位测序 | ■ ISS (2013, Nature Methods) 锁式探针靶向cDNA+原位RCA+原位测序 ■ FISSEQ (2015, Science) CDNA成环+原位RCA+全转录组原位测序(3'端32bp) ■ STARmap (2018, Science) 透明技术+锁式探针靶向RNA+原位RCA+原位测序 ■ EXseq (2021, Science) 适明放大技术+靶向组、全转录组双模式+原位测序 ■ MIP-seq(2022, BioRxiv) 多组学+功能组学+双端原位测序 | 亚细胞分辨率 靶向组、全转录组双模式 灵敏度高 ( 30%-96%,随靶标探针数增加而升高) 可检测突变 | 全转录组捕获模式效率低下 (FISSEQ, 0.0059%) 测序读长短 灵敏度略低于 序列原位杂交 |