从科研小白到深度解读Illumina转录组测序的进阶之路(转录组测序ngs)
大家好,我是科研路上的一个小白,今天想和大家分享一下我从零开始学习Illumina转录组测序的过程,以及如何通过体系化的专业知识来深入理解这一技术。
我记得那是我刚开始接触科研的时候,面对Illumina转录组测序这个高大上的名词,我简直是一头雾水。转录组测序,顾名思义,就是通过测序技术来分析一个细胞或组织中所有转录本的组成和表达水平。这对于研究基因表达调控、基因功能以及基因与疾病之间的关系至关重要。
我的第一个项目就是利用Illumina转录组测序来研究某疾病模型小鼠的基因表达变化。当时,我对测序过程一窍不通,只能依靠实验室的师兄师姐们帮忙。
第一步是样本准备。我们提取了小鼠的RNA,并使用RNA抽提试剂盒进行纯化。这一步非常关键,因为RNA的完整性直接影响后续的测序结果。我师兄告诉我,选择合适的试剂盒和操作步骤对于保证RNA质量至关重要。
接下来是文库构建。在这一步,我们使用Illumina提供的试剂盒将RNA转化为cDNA,然后进行末端修复、加A接头、连接接头、PCR扩增等步骤。这个过程看似简单,实则充满了细节。例如,PCR扩增时的循环次数、温度等参数都需要严格控制,以保证扩增效率和质量。
然后是测序。我们把构建好的文库提交给测序平台。Illumina的测序平台以其高通量、高精度和低成本而著称。我记得第一次看到测序结果时,那种激动的心情真是难以言表。
最后是数据分析。这一步是整个流程中最复杂的部分。我们需要使用各种生物信息学工具对测序数据进行质量控制、比对、定量、差异表达分析等。在这个过程中,我逐渐认识到体系化知识的重要性。
举个例子,为了进行差异表达分析,我学习了统计学的知识,了解了t-test、wilcoxon test等统计方法的应用。我还学习了生物学知识,了解了转录因子、信号通路等概念,这些知识帮助我更好地理解测序结果。
经过一番努力,我终于完成了项目,并对Illumina转录组测序有了更深入的了解。在这个过程中,我不仅学会了如何操作Illumina测序平台,还掌握了相关的生物信息学工具和统计学方法。
总结一下,学习Illumina转录组测序的过程就像攀登一座高峰,需要不断积累知识、克服困难。但只要我们有足够的耐心和毅力,就能在这条路上越走越远。希望我的经历能对正在学习转录组测序的朋友们有所启发。