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文献解读|Nat Commun(16.6):肠道菌群在炎症性抑郁症中的免疫调节作用
文献解读|Protein Cell(21.1):妊娠早期母体感染 SARS-CoV-2 后母胎界面的免疫再平衡
微生物单细胞项目案例|香港大学张彤教授团队首次绘制活性污泥微生物及耐药基因单细胞图谱
文献解读|Bone Res(12.7):人类肌腱粘连的多组学分析表明 ACKR1 调控的巨噬细胞迁移参与再生
文献解读|Protein Cell(21.1):通过单细胞核转录组分析鉴定 FOXO1 作为人类滑膜中的抗衰老保护因子
文献解读|Cell Rep Med(14.3):独特的多细胞免疫抑制中心为左侧和右侧结肠癌提供不同的干预策略
文献解读|Protein Cell(21.1):转录组、DNA甲基化组和染色质可及性的综合分析揭示肥厚型心肌病的候选治疗靶点
文献解读|Nat Commun(16.6):响应高原缺氧的全身组织转录调控的时间分辨多组学图谱
文献解读|J Hepatol(25.7):肝细胞癌的多模态图谱揭示了趋同进化路径和“坏苹果”对临床轨迹的影响
文献解读|Cell Rep(8.8):滋养细胞信号促进子宫内膜干扰素反应和脂质代谢,确保正常蜕膜化
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真核转录组
转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。对真核有参生物进行转录组测序,既可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化,还可以对基因结构进行分析,研究SNP、可变剪切、基因结构优化等信息。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的...
原核转录组
原核转录组-高质量测序准确分析mRNA信息原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。应用方向环境影响分析环境变化对微生物的生物学功能胁迫研究研究胁迫环境下微生物的机体响应机制差异性状研究寻找不同处理导致差异性状或表型相关联的主要功能...
全转录组
全转录组测序—研究非编码RNA与mRNA间的靶向调控以及相互作用关系全转录组高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法和小片段富集筛选建库方法,可实现编码RNA和非编码RNA的建库、测序、信息分析及联合分析、ceRNA等,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程 (例如发育、疾病等)所有RNA转录本数据信息,通过数据分析将...
lncRNA
长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)是近年来引起广泛关注的一种具有独特的调控功能的非编码RNA。LncRNA的长度在200nt以上,不编码蛋白,物种间保守性较差,有的序列结构与mRNA相似(含有polyA尾,存在可变剪切),有的则无这些特征。目前的研究对LncRNA的产生和功能机制...
circRNA
circRNA测序—研究circRNA的差异表达如何影响生物学过程环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类特殊的非编码RNA分析,测序采用Illumina测序平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定以及来源基因的分析, 环状RNA测序在医学、农学研究领域应用越来越广泛。高效:...
miRNA
smallRNA测序 ——研究small RNA功能及调控机制小RNA(Small RNA,sRNA)通过特异性地识别结合 RNA 诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制,在调节个体发育、细胞增殖分化、肿瘤的发生发展及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用,是细胞中...
tsRNA
tRFs和tiRNAs是tRNA及其前体通过精确调控的加工过程产生的,作为小非编码RNA行使多种生理功能,与诸多生理病理过程相关(图1)。据报道,tRFs&tiRNAs能够以microRNA的方式参与RNA干扰;结合蛋白因子并调节目标mRNA的稳定性;与细胞色素C互作,调控细胞凋亡;改变胚胎转录级联调控,作...
宏转录组
宏转录组—捕捉微生态微环境活性微生物动态变化宏转录组测序:(Metatranscriptome Sequencing/ Metatranscriptomics)从整体水平研究特定环境中所有群体基因组转录情况和调控规律,以微生态微环境中全部RNA为研究对象, 结合高通量测序从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘发挥功能的...
Ribo-seq
翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测...
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