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技术速递
文献解读|Nat Commun(16.6):肠道菌群在炎症性抑郁症中的免疫调节作用
文献解读|Protein Cell(21.1):妊娠早期母体感染 SARS-CoV-2 后母胎界面的免疫再平衡
微生物单细胞项目案例|香港大学张彤教授团队首次绘制活性污泥微生物及耐药基因单细胞图谱
文献解读|Bone Res(12.7):人类肌腱粘连的多组学分析表明 ACKR1 调控的巨噬细胞迁移参与再生
文献解读|Protein Cell(21.1):通过单细胞核转录组分析鉴定 FOXO1 作为人类滑膜中的抗衰老保护因子
文献解读|Cell Rep Med(14.3):独特的多细胞免疫抑制中心为左侧和右侧结肠癌提供不同的干预策略
文献解读|Protein Cell(21.1):转录组、DNA甲基化组和染色质可及性的综合分析揭示肥厚型心肌病的候选治疗靶点
文献解读|Nat Commun(16.6):响应高原缺氧的全身组织转录调控的时间分辨多组学图谱
文献解读|J Hepatol(25.7):肝细胞癌的多模态图谱揭示了趋同进化路径和“坏苹果”对临床轨迹的影响
文献解读|Cell Rep(8.8):滋养细胞信号促进子宫内膜干扰素反应和脂质代谢,确保正常蜕膜化
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人基因组重测序
人重测序通过对人类不同个体或群体进行全基因组重测序,并在个体或群体水平上进行生物信息分析,获得全面的SNP/InDel/CNV/SV等变异信息,并识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的数据,有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。 应用领域1. 已知候选位点筛选及验...
人全外显子测序
外显子组是一个物种基因组中所有外显子区域的总和。外显子组测序是指利用序列捕获技术对全基因组外显子区域DNA进行富集再进行高通量测序的方法。该方法能够获得指定外显子捕获平台探针设计区域及侧翼200bp序列的遗传信息,极大的提高了人类基因组中外显子区域的研究效率,显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的...
CRISPR screen 文库筛选分析
CRISPR Screen——高通量基因编辑手段CRISPR Screen检测:基于CRISPR/Cas9技术,设计成千上万个sgRNA,在全基因组范围内进行基因编辑实验,筛选出大量突变细胞,识别与特定表型相关 的基因,通过高通量测序技术,统计每一种sgRNA reads富集数,比较每一组sgRNA变化情况,并按照从大...
CRISPR/Cas9 基因编辑脱靶分析
全基因组de novo测序(二代/三代)
基因组de novo测序即从头测序,是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序,通过生物信息学分析手段进行拼接、组装,从而获得该物种全基因序列图谱。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成各物种的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。 应用领域1. 基因组surv...
全基因组survey
基因组Survey—全面了解物种基因组特征基因组Survey基于小片段文库的低深度测序数据,通过K-mer分析,从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息,是全面了解某一物种基因组特征的有效方法,为后续的全基因组 de novo 测序组装策略的制定提供理论依据。
泛基因组测序
泛基因组测序—探秘物种间潜在密码泛基因组包括核心基因组(Core genome)和非必须基因组(Dispensable genome)。其中,核心基因组由所有样本中都存在的序列组成,一般与物种生物学功能和主要表型特征相关,反映了物种的稳定性; 非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成,一般与物种对特定环境的...
动植物基因组重测序
基因组重测序是在已知物种基因组的情况下进行测序。通过对该物种的不同个体或同一个体的不同组织进行基因组重测序,可从群体或个体水平全面挖掘基因组序列差异。该方法能以较低的成本获得大量、准确的基因组信息,对动植物育种研究及人类疾病等方面具有重大的指导意义。 应用领域1. 个体基因组变异检测2. 突变体功能突变位点定位3. 群...
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