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常见问题

  • 1.重测序与基于基因组的变异检测有何差异？

    • 基于基因组的研究，可以比重测序获得更多变异信息，特别是基因组中高变异的区域，以及部分新基因信息。此外，对于亲缘关系较远的菌株，由于高变区域较多， 借助基因组手段效果会更理想。而重测序的优势主要在于成本方面。对于大量近缘菌株间的进化研究，用重测序结果作为研究基础是足够的，可以用同样的费用获得 更多材料的变异信息。

  • 2.基于重测序和基于单拷贝基因的进化分析有何差异？

    • 进化分析的基本要求，是找到不同基因组之间共有的保守序列，并通过序列间的差异，使用合适的数学模型构建菌株间的进化关系，通过重测序和单拷贝基因都能达到这样 的目的。由于采用的数据集合有所差异，因此个别近缘物种的进化关系可能有细微改变，不过大范围的进化关系通常都是一致的。

  • 3.重测序分析如何保证变异信息的可靠性？

    • 重测序分析中，变异信息是所有后续分析的核心，变异数据的可靠性，是整个研究可靠性的保障。我们在重测序变异检测的过程中，从下机数据的QC，到严格的数据比对， 以及变异检测结果的再过滤，每个步骤都经历了严格的质控和数据过滤，保证了最终变异检测数据的可靠性。


微生物重测序

微生物基因组重测序——一站式解析变异与差异

微生物种类繁多，菌株的分化速度快，需要有一个经济快速的方法，对大范围内的海量菌株进行测序研究，了解菌株间的变异信息。 微生物基因组重测序应运而生，它是基于小片段文库的高通量测序数据，通过与近缘参考基因组进行比对，从而进行变异检测的方法。 可以检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SVCNV等变异信息，以精准快捷为特点，系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

应用方向

相比芯片检测或者外显子测序，基因组 DNA 重测序可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异，在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点，具有重大的科研价值和产业价值。利用全基因组重测序有助于快速发现与细菌/真菌重要性状相关的遗传变异，如病原真菌的致病因子信息、食用/药用真菌的功能基因。除此之外，在对大规模样本的分析过程中，结合进化学研究，可以帮助获取细菌/真菌进化史、传播规律等信息。


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