x

请输入关键词查询

EnglishEnglish
  • 常见问题
  • 产品介绍

常见问题

Q1:  10X单细胞转录组和10X ATAC可以做哪些关联分析？

A：1）分群的关联，直接将转录组的分群映射到ATAC细胞分群中；

2）基因组开放区域和下游基因表达的关联；

3）开放区域的时序关系和基因表达的时序关系的关联（拟时分析）。

 

Q2: 10x ATAC有生物学重复样本怎么分析？

A：对于生物学重复的样本，我们会对每个生物学样本的peak进行组内合并。合并peak的方式一般有两种，分别是取交集，以及取并集。


10x 单细胞ATAC


多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内，但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态，这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质（open chromatin），而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的易接近性（chromatin accessibility），通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。 10x Gennomics单细胞ATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，单细胞染色质易开放区域测序）基于GemCode微流体平台，利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域，并加上测序引物进行高通量测序，以高分辨率研究染色质开放区域，为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。 

 

 

应用领域

1. 发现表观遗传变异引起的细胞异质性；

2. 构建基因表达上游的基因调控网络；

3. 定义细胞类型和分化状态；

4. 预测疾病分子标志物。


 

 

技术路线

 

 

 分析内容

 

标准信息分析 （需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果）定制化信息分析

1. 数据分析与质控：测序数据基本质控、样本基本信息结果统计；

2. 比对分析：测序饱和度分析、插入片段长度分布；

3. Peak分析：peak信息统计、TSS周围信号分布、peak区域片段分布统计；

4. 单细胞亚群分类与分类结果可视化：细胞亚群聚类、分类结果可视化（TSNE图）；

5. Peak注释：peak相关基因注释、peak相关基因GO/KEGG功能富集分析；

6. TF motif富集分析；

7. 亚群染色质易接近性差异分析；

8. 核心转录因子调控网络。

 

和10x Genomics 转录组关联分析。


  • 电话：400-178-8899
  • 邮箱：support@kaitaibio.com
  • 地址：浙江省杭州市西湖区金蓬街358号青蓝科创园C座3号楼6楼

公众号二维码

订阅号二维码

Copyright © 2012-2024 杭州开泰生物技术有限公司 备案号：浙ICP备17059463号-1