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常见问题

Q1：翻译组需要做生物学重复吗?

A：建议做生物学重复。因为翻译组需要做定量分析，而涉及到定量分析的组学， 需要进行组间的差异分析, 生物学重复不仅可以提供差异分析的检验基础, 而且可以证明结论具有普适性。

 

Q2：翻译组中如何对ORF进行编码能力预测？

A：首先如果一个sORF内有越高的RFs信号，则代表在这个区域有越多核糖体复合物停留，则其可以翻译蛋白的可能性越大。因此首先用唯一比对的reads进行FPKM计算，至少在一组样本中平均FPKM大于1的ORF才会进行编码能力的预测。

 

Q3：翻译效率（TE）怎么理解?

A：翻译效率代表样本中某个基因的总RNA分子与核糖体结合并进行翻译的比例。利用Ribo-seq和RNA-seq的数据，可以直接计算这个数值，TE的计算公式为：TE ＝ (FPKM in Ribo-seq / (FPKM in RNA-seq)，可以用来衡量单位转录本上结合的核糖体数目，也就是翻译量的多少。

 


Ribo-seq


Ribo-seq——核糖体印迹测序

  • 核糖体印迹测序（Robo-seq），可以对正在翻译的RNA进行检测。Ribosome profiling是针对与核糖体结合、长度约为30nt的正在翻译的RNA片段进行富集、测序和定量。据此可推测起始密码子位置（包括非AUG起始）以及uORFs等信息。




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  • Ribo项目流程.png


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  • Ribo基础分析

    分析内容

    解决问题

    测序数据质量评估

    过滤低质量数据，保证数据质量

    参考序列比对分析

    比对率分析

    RFs统计

    统计RFs并且明确在基因组的位置

    基因表达定量

    基因表达定量

    翻译暂停分析

    预测翻译暂停事件的发生

    基因功能注释

    分析基因功能

    组间差异分析

    寻找不同比对组间的差异mORFs

    差异富集分析

    差异mORFS相关基因的GO，KEGG富集分析

    翻译ORFs鉴定和表达

    鉴定翻译ORFs

    翻译ORF数据库注释

    寻找可能存在翻译潜力的sORF

    翻译ORF差异分析

    寻找不同比对组间的差异翻译ORF


  • 结果展示

 

RFs编码基因覆盖分布图 .pngRFs的P-site热图 .png              

 RFs编码基因覆盖分布图                                                  RFs的P-site热图

RFs丰度分布元图 .png注释结果条形图.png

RFs丰度分布元图                                          注释结果条形图

差异基因火山图.png差异基因聚类热图 .png

差异基因火山图                                                       差异基因聚类热图

富集气泡图.png富集圈图.png

富集气泡图                                     富集圈图

tranORFs长度分布图 .pngtranORFs长度分布图 .png

tranORFs长度分布图




  • 送样建议

  • 样本类型

    送样量

    植物组织

    400mg以上

    人，动物组织

    200mg以上

    细胞

    4×106以上

         


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