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常见问题

Q1: 基因组de novo测序是什么？

A: 基因组de novo测序也叫基因组从头测序，主要是对未知物种的基因组序列及需要更新的基因组，通过构建基因组DNA文库，并进行测序。通过生物信息学分析手段进行拼接、组装，从而获得该物种全基因序列图谱。

 

Q2: 三代基因组对比二代基因组有什么优势？

A：三代测序具有长度长的优势，平均为10-15kb，而二代测序读长为PE125-250bp，对于一些重复序列、杂合问题时，三代优势明显，因此三代基因组具有组装指标更高，组装错误率更低，组装完整性更好等特点。

 

 

   


全基因组de novo测序（二代／三代）
基因组de novo测序即从头测序，是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序，通过生物信息学分析手段进行拼接、组装，从而获得该物种全基因序列图谱。随着测序技术的发展、测序成本的降低，完成各物种的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成，将带动该物种一系列后续研究的开展。

 

 

应用领域

1. 基因组survey评估；2. 全基因组组装及注释；3. 物种进化分析。

 

 

技术路线

 

 

分析内容

标准信息分析高级信息分析

1.数据处理：去除接头序列、污染序列等；

2.基因组组装（三代数据）：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；

3.基因组校正（二代数据）：基因组比对与校正；

4.序列完整性评估：CEGMA评估、BUSCO评估、EST/转录本序列评估；

5.基因组注释：基因预测、基因功能注释、重复序列分析、非编码RNA注释等；

6.比较基因组学及进化分析：物种系统发育树构建、基因家族鉴定、基因共线性分析等。

1.K-mer 分析以及基因组大小估计；

2.杂合率估计；

3.初步组装；

4.GC-Depth 分布分析。


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