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常见问题

Q1：ATAC与ChIP都可用于研究转录因子在DNA上的结合位点，这两种技术有什么差别？

A：不同于ChIP技术，ATAC技术主要通过检测染色质开放区域寻找转录因子的DNA结合motif，Chip技术则是利用转录因子的特异性抗体进行免疫沉淀（IP），富集获的转录因子结合的DNA片段。ChIP技术针对单一转录因子寻找结合位点，ATAC技术则能够挖掘结合到染色质开放区的转录因子信息。

 

Q2：ATAC-seq 是否需要设置生物学重复？

A：通常建议每个分组中设置至少3个生物学重复，以保证获得尽可能准确的结果，如生物重复间个体差异大的，建议增加生物学重复数量。

 

Q3：ATAC-seq的工作原理？

A：核小体致密的地方，转座酶无法进入，而开放区域转座酶可以进入并切割下暴露的DNA，连接上能够被识别的测序接头的DNA片段被逐一分离出来，用于二代测序。因此，ATAC-seq可以获得全基因组范围内的正处于开放状态的染色质区域信息，基于开放区域信息进行peak扫描，分析组间差异开放性区域及差异转录因子挖掘。



ATAC-seq

ATAC-seq——研究开放染色质的高通量测序技术

  • ATAC (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)技术可进行高通量测序的染色质可及性(开放性)研究，而染色质开放区域一般是染色质中呈松散状态、可发生DNA复制和基因转录的区域，ATAC-seq 使用改造 Tn5转座酶，捕获染色质开放区，将测序接头引入开放染色质的两端，用于表观遗传、基因调控研究。


  • 项目流程

  • ATAC项目流程.png

    分析内容


  • ATAC基础分析

    分析内容

    解决问题

    测序数据质量评估

    过滤低质量数据，保证数据质量

    参考序列比对分析

    比对率分析

    Peak calling

    分析核小体及转录因子结合位点

    motif分析

    转录因子结合序列信息

    peak峰相关基因注释

    Peak在基因组及功能区域的分布

    Peak差异分析

    寻找不同比较组间的差异peak峰

    差异peak GO 和 KEGG 富集分析

    差异peak相关基因的GO，KEGG富集分析


  • 结果展示

  •              染色体中Reads密度分布图.png             MEME检测的Motif序列图.png

染色体中Reads密度分布图                                    MEME检测的Motif序列图

  • MA plot.png富集分析气泡图.png

  • MA plot                                                                         富集分析气泡图


  • 送样建议

  • 样本类型

    送样量

    植物组织

    500mg以上

    人，动物组织

    50mg以上

    细胞

    5×105以上




   

  • 电话：400-178-8899
  • 邮箱：support@kaitaibio.com
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