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常见问题

  • 1.做Meta 分析需要有生物学重复吗？

    • 自然环境 （土壤、水体、发酵物、食品等）: 至少3个生物学重复，推荐5个生物学重复
      体内样本（肠道、粪便、口腔拭子、胃组织样等）：个体特异性高，易出现样本偏离，至少3个重复，推荐6-10个重复以上。

  • 2.粪便样品制备注意事项

    • 粪便的保存，可放在-80℃，根据经验，取内部粪便提取基因组最好，但是不易操作。由于粪便自身的特殊性，建议随时收集随时保存，以便达到较好的DNA提取效果。

  • 3. 对于宏基因组项目，怎么排除宿主污染？

    • 1. 取样时，尽量不要取靠近组织的部位；
      2. 可采用相应的去宿主试剂盒提取；
      3. 若有参考基因组，可通过比对分析去除宿主基因组污染。

  • 4.如果存在较大的宿主的污染，且没有宿主基因组的参考序列可以进行宏基因组测序吗？

    • 不可以，如果宿主的DNA包含大量的环境DNA，测序之后，会存在严重的污染，暂无已知宿主基因组的序列来进行比对去污染，会影响后续结果分析的准确性，且可用的 数据量会很少；但是如果在提取的过程，宿主基因组的污染的量较少，后期的数据分析暂可忽略污染。

  • 5.不同样本测多少数据量合适，有没有依据？

    • 一般遵循文章影响因子越高，样本量和数据量越高的规律。婴儿肠道、粪便等简单环境推荐6G以上数据量，水体、土壤、淤泥等复杂环境推荐12G以上数据量。


宏基因组测序（二代）

宏基因组测序—环境微生物研究

宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。

应用方向

  • 人体或动物微生态及其与疾病关联:

    如肠道菌群，皮肤菌群，口腔菌群，肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物；

  • 自然环境微生态：

    如作物根系或受污染等土壤微生物，海洋、冰川、污水等水体微生物；

  • 工业环境微生态：

    如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性，以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。

  • 食品或药品的微生物安全检测。


  • 电话：400-178-8899
  • 邮箱：support@kaitaibio.com
  • 地址：浙江省杭州市西湖区金蓬街358号青蓝科创园C座3号楼6楼

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